Gener for covid-19 motstandskraft: identifisering av DNA-markører som tilsvarer motstand og mottakelighet for koronavirus.

Koronavirus (CoV) (orden Nidovirales, familie Coronaviridae, underfamilie Coronavirinae) er ansvarlig for utbrudd av luftveisinfeksjoner hos mange vertebrater. De er en stor familie av enkelttrådet RNA-innpakkede virus (+ssRNA) som kan isoleres i ulike dyrearter. De har genomstørrelser som varierer mellom 26 og 32 kilobaser (kb) i lengde, og er dermed de største genomene blant RNA-virus (som følgelig øker effektiviteten til ansiktsmasker). COVID-19, også kjent som alvorlig akutt respiratorisk syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2), eller "nytt coronavirus 2019", er et nytt virus, og vi begynner bare å forstå motstand og mottakelighet hos mennesker.

COVID-19 er lik alvorlig akutt respiratorisk syndrom (SARS) i den forstand at begge virusene infiserer sine menneskelige verter via samme reseptor, angiotensin-konverterende enzym 2 (ACE2-reseptor), og forårsaker lignende kliniske og patologiske trekk. Interessant nok er spike-proteinet som er ansvarlig for reseptorbinding svært likt mellom 2019-nCoV og SARS-CoV, dette er et resultat av betydelig utvalg for samme reseptor (Wu., 2020). Forskning på hvordan kroppene våre forsvarer seg mot SARS kan avsløre hvordan kroppene våre kan forsvare seg mot covid-19. Flere nylige Genome Wide Association Studies (GWAS) har gitt en mye dypere innsikt i de genetiske variasjonene som kan hjelpe til med å forklare hvorfor noen individer er nesten upåvirket av COVID-19, og for andre er viruset livstruende eller til og med dødelig.

I denne posten gir vi en gjennomgang av den fagfellevurderte litteraturen og presenterer informasjon om kandidatgener for SARS-CoV-resistens. Hvis du har tatt en DNA-test hjemme, som de tilgjengelige fra 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, kan du evaluere dine rå DNA-data og se hvordan din DNA-sekvens sammenligner med forskningsfunnene.

Hvordan analysere DNA-et ditt for motstand eller følsomhet for coronavirus?

Steg 1) Last ned din råe autosomale DNA-fil og lagre den på et trygt og sikkert sted. For å analysere din DNA-data, begynn med å laste ned din råe autosomale DNA-fil og lagre den på et trygt sted. Her er instruksjoner for å laste ned din råe DNA-fil fra: '. 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.

Steg 2) Analyser din råe DNA-fil.

Søk gjennom dine råe DNA-data ved hjelp av en tekstredigerer som "text wrangler" eller "notepad" ved å bruke "find" funksjonen, eller ved å bruke kommandolinjen.

Åpne din råe DNA-fil og du vil legge merke til overskriftene for unike SNP ID (rs# eller i#), kromosom, posisjon og genotype. Formatene varierer noe mellom hver direkte til forbruker DNA-testingselskap.

For å vurdere din risiko for dårlig utvinning fra COVID-19, se etter disse DNA-markørene beskrevet nedenfor:

Flere Genome Wide Association Study (GWAS) ble nylig publisert som beskriver lokus assosiert med respirasjonssvikt hos pasienter smittet med SARS-CoV-2 og tre studier identifiserte SNP-markører i det samme ~50 kb genomiske segmentet som er arvet fra neandertalere. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). I tillegg identifiserte disse GWAS-studiene også et antall andre DNA-markører som er assosiert med COVID-19, og hver av disse presenteres i tabellen nedenfor.