Gener for covid-19 modstandsdygtighed: identifikation af DNA-markører, der svarer til modstand og modtagelighed over for coronavirus.
Coronaviruser (CoV'er) (orden Nidovirales, familie Coronaviridae, underfamilie Coronavirinae) er ansvarlige for udbrud af luftvejssygdomme hos mange vertebrater. De er en stor familie af enkeltstrenget RNA-indpakkede virusser (+ssRNA), som kan isoleres i forskellige dyrearter. De har genomstørrelser på mellem 26 og 32 kilobaser (kb) i længden, hvilket gør dem til de største genomstørrelser for RNA-virusser (og dermed øger effektiviteten af ansigtsmasker). COVID-19, også kendt som svær akut respiratorisk syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2) eller "ny coronavirus 2019", er et nyt virus, og vi er lige begyndt at forstå modstandsdygtighed og modtagelighed hos mennesker.
COVID-19 ligner alvorligt akut respiratorisk syndrom (SARS) i den forstand, at begge vira inficerer deres menneskelige værter via samme receptor, angiotensin-konverterende enzym 2 (ACE2 receptor), og forårsager lignende kliniske og patologiske træk. Interessant nok er spike-proteinet, som er ansvarligt for receptorbinding, meget ens mellem 2019-nCoV og SARS-CoV, dette er et resultat af betydelig udvælgelse for den samme receptor (Wu., 2020). Forskning i, hvordan vores kroppe forsvarer sig mod SARS, kan afsløre, hvordan vores kroppe kan forsvare sig mod covid-19.
Flere nylige Genome Wide Association Studies (GWAS) har givet en meget dybere indsigt i de genetiske variationer, der kan hjælpe med at forklare, hvorfor nogle individer er næsten upåvirkede af COVID-19, og for andre er virusset livstruende eller endda dødeligt.
I dette indlæg giver vi en gennemgang af den peer-reviewed litteratur og præsenterer information om kandidatgener for SARS-CoV-resistens. Hvis du har taget en hjemme-DNA-test som dem, der er tilgængelige fra 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, kan du evaluere dine rå DNA-data og se, hvordan din DNA-sekvens sammenligner med forskningsresultaterne.
Hvordan man analyserer sit DNA for coronavirus modstand eller modtagelighed?
Trin 1) Download din rå autosomale DNA-fil og gem den et sikkert og sikkert sted.
For at analysere dine DNA-data, skal du starte med at downloade din rå autosomale DNA-fil og gemme den et sikkert sted.
Her er instruktioner til at downloade din rå DNA-fil fra: '. 23andMe,
Ancestry
DNA,
Family
Tree DNA,
Dante
Labs,
My
Heritage,
Genes For Good,
Vitagene,
and Living DNA.
Trin 2) Analyser din rå DNA-fil.
'Søg i dit rå DNA-data ved hjælp af en teksteditor som "text wrangler" eller "notepad" ved hjælp af "find" funktionen, eller ved hjælp af kommandolinjen.
Åbn din rå DNA-fil, og du vil bemærke overskrifterne for unikke SNP ID (rs# eller i#), kromosom, position og genotype. Formaterne varierer lidt mellem hver direkte til forbruger DNA-testvirksomhed.
For at vurdere din risiko for dårlig bedring fra COVID-19, skal du kigge efter disse DNA-markører beskrevet nedenfor:
Flere Genome Wide Association Study (GWAS) blev for nylig offentliggjort, der beskriver lokusser forbundet med åndedrætsfejl hos patienter smittet med SARS-CoV-2, og tre studier identificerede SNP-markører i det samme ~50 kb genomiske segment, der er arvet fra neandertalere.'
(Ellinghaus D et al., 2020,
Zeberg & Pääbo, and
Blokland et al.,
2020).
Derudover identificerede disse GWAS-studier også en række andre DNA-markører, der er forbundet med COVID-19, og hver af disse præsenteres i tabellen nedenfor.
Derudover inkluderer denne post også andre DNA-markører, herunder rs4804803, som var forbundet med SARS, og dem, der er placeret i angiotensin-konverterende enzym-2 (ACE2) receptoren, som er blevet bevist at være den samme receptor for det humane respiratoriske coronavirus NL63, SARS-coronavirus (SARS-CoV) og det nye coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Da spike-proteinet i coronavirus er udviklet til at matche ACE2-receptoren, er det sandsynligt, at personer med variationer, der ændrer proteinsekvensen, vil have en vis grad af modstand mod covid-19. Nedenfor er ikke-synonymer SNPs fra ACE2-transkriptet NM_021804.2, og af særlig interesse er SNPs, der forårsager store ændringer som rs199951323, som resulterer i en for tidlig stopkodon.
'Gen'
dbsnp
Kromosom (GRCh37).
POS
REF
ALT
'Risiko Alleler'
'Marker Effekt'
Reference betyder henvisning eller reference til noget eller nogen. Det kan også betyde en person, der kan give information eller anbefalinger om noget.
IVNS1ABP
rs6668622
1
185414582
T
C
Modtagelig variant T:T og T:C hos mænds
oddsforhold 1,44
Roberts.,
2020;
SRRM1
rs111972040
1
24999361
A
G
risiko genotyper G:G og A:G, 3_prime_UTR_variant
Oddsforhold for indlæggelse = 8,29.
LZTFL1
rs35044562
3
45909024
A
G
risiko genotyper G:G og A:G, intron_variant, genisk opstrøms transkript_variant
odds ratio 1.60
Blokland et al.,
2020; Zeberg
& Pääbo
LZTFL1
rs11385942
3
45876460
A
- or A or AAA
InDel, A:A and A:- 'Har højere modtagelighed for åndedrætsfejl, intron_variant'
odds ratio 1.77
Ellinghaus et al.,
2020; Roberts.,
2020
LZTFL1
rs10490770 *LD with rs11385942
3
45864732
T
C
risiko genotyper T:C og C:C, intron_variant
Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7.
Zeberg and Pääbo.,
2020;
LZTFL1
rs67959919 *LD with rs11385942
3
45871908
G
A
'risiko genotyper G:A og A:A, intron_variant'
Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7.
LZTFL1
rs35624553 *LD with rs11385942
3
45867440
A
G
risiko genotyper G:A og G:G, intron_variant
Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7.
LZTFL1
rs71325088 *LD with rs11385942
3
45862952
T
C
risiko genotyper C:T og C:C, intron_variant
Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7.
ABO
rs657152
9
136139265
A
C or T
En risiko-allel, intron_variant.
odds ratio 1.77
Ellinghaus et al.,
2020; Roberts.,
2020
Intergenic
rs5798227
12
53120100
C
-
'Risikoallel er sletningen'.
p = 2.2x10-7
Blokland et al.,
2020;
IGHV3-7
rs11844522
14
106522576
C
T
'Sårbare variationer T:T, C:T'
p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL)
rs73166864
22
23340580
T
C or G
'Sårbare variationer T:T og T:C'
odds ratio 1.7
Roberts.,
2020;
TLR7
rs200553089
ChrX
12906010
G
T
risiko genotyper T:G og T:T, missense_variant
Made et al.,
2020;
Synonyme SNPs placeret i ACE2
ACE2
rs373153165
chrX
15580093
C
T or A
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Asp785Asn/c.2353G>A
Cao et al.,
2020
ACE2
rs140016715
chrX
15582154
G
A
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2
rs147311723
chrX
15582265
G
A
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2
rs41303171
chrX
15582298
T
C
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2
rs370187012
chrX
15582327
C
T
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2
rs776995986
chrX
15582334
G
A
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2
rs149039346
chrX
15584416
A
G
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2
rs200180615
chrX
15584488
C
T
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2
*rs199951323
chrX
15585879
A
C
stop_gained
p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2
rs183135788
chrX
15585933
T
C
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2
rs748163894
chrX
15588434
G
A
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
ACE2
rs202137736
chrX
15591485
T
C
'splice_region_variant+intron_variant'
'splejsningsområde_variant+intron_variant'
c.1541+5A>G
ACE2
rs140473595
chrX
15591530
C
T
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2
rs191860450
chrX
15593829
T
C
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2
rs758142853
chrX
15609868
A
G
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2
rs754511501
chrX
15609902
C
T
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2
rs746034076
chrX
15609943
T
C
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2
rs373252182
chrX
15609973
T
C
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2
rs2285666
chrX
15610348
C
T
'splice_region_variant+intron_variant'
'splejsningsområde_variant+intron_variant'
c.439+4G>A
ACE2
rs768736934
chrX
15612963
C
T
'splice_region_variant+intron_variant'
'splejsningsområde_variant+intron_variant'
c.345+5G>A
ACE2
rs4646116
chrX
15618958
T
C
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2
rs73635825
chrX
15618980
A
G
'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk.
p.Ser19Pro/c.55T>C
'SNPs forbundet med SARS'
CD209
rs4804803
19
7812733
A
G
'Susceptibel genotype A:A, opstrøms_transkript_variant'
NC_000019.10:7747846
Sakuntabhai et al., 2005;
Chan et al.,
2010
| 'Gen' | dbsnp | Kromosom (GRCh37). | POS | REF | ALT | 'Risiko Alleler' | 'Marker Effekt' | Reference betyder henvisning eller reference til noget eller nogen. Det kan også betyde en person, der kan give information eller anbefalinger om noget. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | Modtagelig variant T:T og T:C hos mænds | oddsforhold 1,44 | Roberts., 2020; |
| SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | risiko genotyper G:G og A:G, 3_prime_UTR_variant | Oddsforhold for indlæggelse = 8,29. | |
| LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | risiko genotyper G:G og A:G, intron_variant, genisk opstrøms transkript_variant | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
| LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- 'Har højere modtagelighed for åndedrætsfejl, intron_variant' | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | risiko genotyper T:C og C:C, intron_variant | Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7. | Zeberg and Pääbo., 2020; |
| LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | 'risiko genotyper G:A og A:A, intron_variant' | Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7. | |
| LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | risiko genotyper G:A og G:G, intron_variant | Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7. | |
| LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | risiko genotyper C:T og C:C, intron_variant | Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7. | |
| ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | En risiko-allel, intron_variant. | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | 'Risikoallel er sletningen'. | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
| IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | 'Sårbare variationer T:T, C:T' | p=1.9x10-7 | |
| Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | 'Sårbare variationer T:T og T:C' | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
| TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | risiko genotyper T:G og T:T, missense_variant | Made et al., 2020; | |
| Synonyme SNPs placeret i ACE2 | ||||||||
| ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
| ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
| ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
| ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
| ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Arg710His/c.2129G>A | |
| ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
| ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
| ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
| ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
| ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
| ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | ||
| ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | 'splice_region_variant+intron_variant' 'splejsningsområde_variant+intron_variant' | c.1541+5A>G | |
| ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
| ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
| ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Val184Ala/c.551T>C | |
| ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
| ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
| ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
| ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | 'splice_region_variant+intron_variant' 'splejsningsområde_variant+intron_variant' | c.439+4G>A | |
| ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | 'splice_region_variant+intron_variant' 'splejsningsområde_variant+intron_variant' | c.345+5G>A | |
| ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
| ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | 'missense_variant' bliver oversat til 'missense-variant' på dansk. | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
| 'SNPs forbundet med SARS' | ||||||||
| CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | 'Susceptibel genotype A:A, opstrøms_transkript_variant' | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |
